さくらインターネットは PHP を CGI として動かしたいので PHP ファイルはパーミッション 755 じゃないと動きません。
初心者プログラマーのPukiWiki入門 – さくらインターネットでPukiWiki

さくらインターネットって安定してるけど、代わりにいろいろ制限が多いですよね。