検索してもなかなか出てこなく、困っていました。
MySQL とかあまり詳しくないのでこれで良いのか分かりませんが。

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SELECT COUNT(*) FROM tablename WHERE id = 123456;

これで返ってきた値が 0 であれば存在しない、0 以外であれば存在したとして判断します。
ちなみに COUNT 関数はパフォーマンス落ちるかもそうです。

たぶんもっと良い方法がありそうですが…。また時間のある時に探してみることとします。