FFFTP は日本で最もポピュラーな FTP ソフトで、扱いやすいインターフェースでたくさんの方に利用されていますが、結構不具合が多いです。通常普通に使ってるだけでは起きない問題かもしれませんが、私は以下のようなことが起こります。

• システムの差分アップロードなどをする場合、そのファイル数がとても膨大な量の場合、とても深い階層にあるファイルは上書きに失敗することがある。
• 膨大な量のファイルをアップロードする場合は、50%くらいの確率で失敗する。
• 少しずつでもたくさんのアップロード・ダウンロードを繰り返していると、突然フリーズしたりファイルのアップロード・ダウンロードが急激に遅くなったりする。

まぁこういうことがあって、サーバーのすべてのファイルを丸々ダウンロードする気になんてならないと思いますが、Filezilla は違います。確実にすべてのファイルをダウンロードしてくれます。

簡単に FFFTP と Filezilla の違いを以下のページでまとめています。
FFFTP ではなく Filezilla を使うことで得られるメリットやデメリット総まとめ

.htaccess が禁止されているわけではないけどなぜか表示することができないサーバーって稀にありますよね。その場合は Filezilla で表示させることができます。手順は以下になります。

1. Filezilla を起動する。
2. メニューのサーバーをクリック。
3. 強制的に隠しファイルを表示するにチェック。

FTP ソフトと言えば FFFTP が有名ですが、Filezilla を使うようになると FFFTP に戻ることができなくなります。