• システムの差分アップロードなどをする場合、そのファイル数がとても膨大な量の場合、とても深い階層にあるファイルは上書きに失敗することがある。
• 膨大な量のファイルをアップロードする場合は、50%くらいの確率で失敗する。
• 少しずつでもたくさんのアップロード・ダウンロードを繰り返していると、突然フリーズしたりファイルのアップロード・ダウンロードが急激に遅くなったりする。

まぁこういうことがあって、サーバーのすべてのファイルを丸々ダウンロードする気になんてならないと思いますが、Filezilla は違います。確実にすべてのファイルをダウンロードしてくれます。

簡単に FFFTP と Filezilla の違いを以下のページでまとめています。
FFFTP ではなく Filezilla を使うことで得られるメリットやデメリット総まとめ

1. Filezilla を起動する。
2. メニューのサーバーをクリック。
3. 強制的に隠しファイルを表示するにチェック。

FTP ソフトと言えば FFFTP が有名ですが、Filezilla を使うようになると FFFTP に戻ることができなくなります。